회장과 부회장을 비롯하여 분과전문의관리위원장, 감사 2인 외 총무부, 재무부, 학술부, 간행부, 교육연수부, 보험부, 법제부, 정보부, 홍보부, 기획연구부, 지침부에 각 1인의 이사, 및 일반이사 6인이 선임되어 활동하고 있다.

회장은 제 1대 이상주(순천향의대), 제 2-3대 손근찬(단국의대), 제 4대 김창휘(순천향의대), 제 5대 김정수(전북의대), 제 6대 오성희(한양의대), 제 7대 강진한(가톨릭의대), 제 8대 차성호(경희의대), 제 9대 이환종(서울의대) 제 10대 홍영진(인하의대), 제 11대 허재균(가톨릭의대), 제 12대 김경효(이화의대), 제 13-14대 김종현(가톨릭의대), 제15대 최은화(서울의대)에 이어, 2023년 현 회장으로 2년 임기의 제 16대 박수은(부산의대)가 선임되어 활동 중이다. 최고의결기관은 39인으로 구성되어 있는 평의원회이며, 의결된 안건은 춘계학회의 총회에서 추인된다.

정회원은 소아감염학에 관심이 있거나 감염병 분야에 대한 경력이 있는 사람으로 전문의 자격이나 이에 준하는 학위를 갖고 있는 인사로 정의하며, 준회원은 소아감염학에 관심이 있으며 정회원이 아닌 의사, 특별 회원은 본학회의 발전에 공헌한 인사나 단체로 정의한다. 2021년 6월 현재 회원수는 총 835명이다. 정회원은 소아과청소년과학, 내과학, 진단검사의학, 가정의학, 예방의학, 미생물학 등을 전공하는 다양한 분야의 인사로 구성되어 있다.

해마다 춘계학술대회와 추계학술대회를 정기적으로 개최하고 있다. 춘계학술대회는 매년 5월에 소아 감염 질환의 최신지견 중심으로 국내외 연자를 초청하여 심포지움 형식으로 구성된다. 추계학술대회는 매년 11월에 지난 1년동안의 회원들의 연구결과를 발표하는 형식으로 진행된다.

타 감염관련학회와 연계하여 감염관련 종합학술대회에 참여하며 대한소아청소년과학회의 추계학술대회에서는 소아감염분과로 참여하여 연구결과를 발표한다.

Asian Congress of Pediatric Infectious Diseases, World Congress of Pediatric Infectious Diseases에는 상임위원국으로 선정되어 국제 학회의 활동에 적극적으로 참여하고 있으며, European Society for Pediatric Infectious Diseases, Infectious Disease Society of America, American Society for Microbiology, International Symposium on Pneumococci and Pneumococcal Diseases 등의 감염과 관련된 국제학회에도 정기적으로 참석하여 연구결과를 발표하고 있다.

매년 7-8회의 월례연수강좌가 4째 주 화요일 저녁에 개최된다. 각 월례연수강좌는 특강 및 증례발표의 2시간의 프로그램으로 구성된다. 특강은 소아청소년의 감염 질환의 다양한 분야에 대한 최신 지견이 다루어지며, 증례 발표는 진단 및 치료 과정에서 어려움을 겪었거나 교육적인 사례를 발표하여 진료 경험을 공유하고 이를 주제로 토론하는 시간이다.

5회의 연구회보 발행과 함께 1994년 11월 20일 학회의 전문학술지 “소아감염” 제1권이 발간된 이후 같은 제호로 2011년까지 매년 2회에 걸쳐 종설, 원저, 증례 형식으로 발간되었고, 2012년부터는 매년 3회에 걸쳐 발간되었다. 2015년 4월 25일 제22권 제1호부터는 “Pediatric Infection and Vaccine”이라는 새로운 제호로 발간되고 있다. “Pediatric Infection and Vaccine”은 한국학술지인용색인(KCI), SCOPUS, EMBASE 데이터 베이스에 등재되어 있으며, 대한소아청소년과학회의 산하 분과 전문학술지로 소아청소년과 전문의 시험에 필요한 각 전공의들의 논문발표 학술지로 인정받고 있다. 학술지에 게재되는 논문의 양과 각 논문의 질적 개선 계획을 수립하여 추진 중이다. 게재 논문의 질을 더욱 높이기 위해 우수한 논문을 게재한 연구자에게 학술상을 시상하고, 우수한 심사평을 통해 논문의 질 개선에 기여한 심사위원에게 우수 심사위원상을 수여하고 있다. 대한소아청소년과학회의 ‘홍창의 소아과학’의 감염분야, '예방접종 지침서', '백신 Q & A'. 질병관리청의 ‘예방접종대상 감염병의 역학과 관리’는 본 학회의 회원들이 중심이 되어 저술하였다

2006년부터 대한소아청소년과학회를 모학회로 하여 분과전문의 제도가 마련되어 시행 중이다. 2007년부터 분과전문의 자격증을 수여하여 2021년 7월까지 총 90명의 소아청소년감염분과 분과전문의가 배출되었다.

2005년 학술상 관련 회칙을 완성하였고, ‘대한소아감염학회(구, 한국소아감염병학회) 사노피파스퇴르 학술상’이라는 이름으로 2006년 춘계학술대회부터 학회 공식학술지인 ‘소아감염(현, Pediatric Infection and Vaccine)’에 2005년도에 실린 우수논문 4편에 대하여 상장과 상금이 수여된 이래 우수 논문에 대해 매년 상장과 상금이 수여되고 있다. 또한 소아감염학 분야의 발전을 위하여 회원들의 연구의욕을 고취시키고 학술 활동을 장려하기 위하여 선정된 우수한 연구과제에 대해 연구비를 지급하는 목적으로 대한소아감염학회 학술연구상을 수여하고 있다. 연구결과는 춘계학술대회 또는 추계학술대회에서 발표해야 하며, 학술연구상 유형에 따라 학회 공식학술지 Pediatric Infection and Vaccine 또는 SCI(E) 급의 학술지에 게재하여야 한다.

제4대 회장 김창휘 명예교수가 한국보건의료인국가시험원 원장으로 재임하였고, 제9대 회장 이환종 명예교수, 제 13-14대 김종현 교수, 제 15대 최은화 교수가 보건복지부 질병관리청(구, 질병관리본부)의 예방접종전문위원회(구, 예방접종심의위원회) 위원장을 역임하였으며, 위원으로도 수 명의 회원이 같이 참여하고 있다. 질병관리청과 대한결핵협회 등 국가기관 중 감염과 관련된 기관의 자문위원으로 많은 회원들이 적극 참여하고 있어, 우리나라 감염병 관련 정책 결정에 큰 역할을 하고 있다.

또한 최근 신규백신의 개발로 식약처 허가를 위한 임상연구가 많이 필요한 상황으로 이에 대한 대부분의 임상연구가 회원들에 의해 이루어지고 있다. 아울러 대한소아과개원의협의회를 비롯한 여러 타 학회 및 협회의 감염과 관련된 교육 및 강의 의뢰에 대하여 본 학회의 회원들이 적극적으로 참여하고 있다.